Năm 1999 , tỉnh Bình Dương thành lập thêm 3 huyện mới là: huyện Dĩ An, huyện Dầu Tiếng và Phú Giáo.Được sự chấp thuận của Ủy ban nhân dân tỉnh  Sở Y tế đã quyết định thành lập thêm 3 Trung tâm y tế cho 3 huyện mới thành lập. Cơ cấu tổ chức của trung tâm Y tế huyện Phú giáo bao gồm: Ban giám đốc, 05 phòng chức năng, 10 khoa chuyên môn điều trị, 04 khoa thuộc hệ dự phòng, 11 trạm Y tế xã, thị trấn và 01 phòng khám đa khoa khu vực.Bệnh viện góp phần giảm tải cho các bệnh viện lớn của thành phố, đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh của người dân trên địa bàn và khu vực lân cận.